Cơ cấu tổ chức quản lý, giám sát, điều hành:
- Chủ tịch Công ty (01 người);
- Giám đốc (01 người);
- Kiểm soát viên chuyên trách (01 người);
- Phó Giám đốc (01 người);
- Kế toán trưởng (01 người).
- Các phòng ban chức năng:
- Phòng Tổ chức hành chính;
- Phòng Tài chính kế toán;
- Phòng Hoa tiêu hàng hải;
- Trạm Hoa tiêu Dung Quất.
Ban lãnh đạo
| Chủ tịch | : Ông Trần Thanh Nhung |
| Kiểm soát viên | : Bà Nguyễn Thị Thanh Huyền |
| Giám đốc | : Ông Bùi Việt Hùng |
| Phó giám đốc | : Ông Đinh Xuân Vũ |
| Kế toán trưởng | : Bà Hoàng Thy Thơ |
| Trưởng Phòng TCHC | : Ông Nguyễn Tiến Dũng |
| Trưởng Phòng HTHH | : Ông Hoàng Việt |
| Phó trưởng phòng HTHH | : Ông Đặng Văn Diện |