Hệ thống Cảng biển dọc theo suốt chiều dài của đất nước là một trong những thế mạnh của đất nước và ngành hàng hải Việt Nam trong việc phát triển kinh tế biển. Tại khu vực Miền Trung, Cảng Đà Nẵng là một trong những đơn vị có truyền thống lâu năm về hoạt động khai thác cảng biển. Ngay sau ngày Đà Nẵng hoàn toàn giải phóng ngày 29/3/1975 hai hoa tiêu thuộc Cảng Hải Phòng là hoa tiêu Nguyễn Minh Tiến và hoa tiêu Nguyễn Tiên đã được tăng cường cho Cảng Đà Nẵng để hình thành Ty Cảng vụ hoa tiêu thuộc Cảng Đà Nẵng do hoa tiêu Nguyễn Minh Tiến là Trưởng ty.Việc dẫn tàu được tiến hành ngay trong những ngày đầu giải phóng góp phần giúp thành phố Đà Nẵng và các địa phương trong khu vực Trung Trung bộ tiếp nhận những chuyến hàng viện trợ vận chuyển bằng đường biển do Miền Bắc, các nước xã hội chủ nghĩa anh em và nhân dân tiến bộ trên thế giới chi viện cho khu vực.
Năm 1993, trước yêu cầu đổi mới và phát triển của đất nước. Ty Cảng vụ - Hoa tiêu thuộc Cảng Đà Nẵng được tách ra thành hai bộ phận, bộ phận Cảng vụ trở thành đơn vị độc lập thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành hàng hải tại khu vực, bộ phận Hoa tiêu vẫn trực thuộc Cảng Đà Nẵng với tên gọi Ty Hoa tiêu.
Ngày 15/6/1998, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam ra Quyết định số 110/QĐ-TCCB-LĐ tách chuyển Hoa tiêu hàng hải ra khỏi Cảng Đà Nẵng, đồng thời bổ nhiệm ông Dương Mỹ Thọ-Thuyền trưởng hạng nhất, Hoa tiêu hàng hải hạng III làm Trưởng Hoa tiêu hàng hải Đà Nẵng và tạm giao cho Cảng vụ Đà Nẵng tổ chức, quản lý, điều hành hoạt động của Hoa tiêu hàng hải Đà Nẵng (là tổ chức kinh doanh, hạch toán riêng).
Đến năm 2001, để phù hợp với chủ trương từng bước đổi mới tổ chức quản lý ngành hàng hải Việt Nam. Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải đã ký Quyết định số 2007/2001/QĐ-BGTVT ngày 25/6/2001 cho phép thành lập doanh nghiệp nhà nước hoạt động công ích : Công ty Hoa tiêu khu vực IV trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam trên cơ sở của tổ chức Hoa tiêu hàng hải Đà Nẵng. Với số vốn điều lệ là 1.777 triệu đồng.
Sau một thời gian chuẩn bị, ngày 07/9/2001 trước sự hiện diện của đại diện Lãnh đạo UBND Thành phố Đà Nẵng, Lãnh đạo Cục Hàng hải Việt Nam, các ban ngành liên quan, các Cảng vụ hàng hải khu vực, các chủ Cảng, chủ tàu, đại lý chủ tàu và các Công ty Hoa tiêu bạn trên cả nước. Công ty Hoa tiêu khu vực IV đã tổ chức lễ ra mắt và công bố chính thức hoạt động; ông Dương Mỹ Thọ - Kỹ sư - Thuyền trưởng hạng I – Hoa tiêu hàng hải hạng Nhất được Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam bổ nhiệm giữ chức vụ Quyền Giám đốc để quản lý, điều hành mọi hoạt động của Công ty.
Từ đó cho đến nay, Công ty Hoa tiêu khu vực IV phải đối diện với nhiều khó khăn, thử thách. Nhưng với sự nỗ lực, phấn đấu không ngừng của tập thể lãnh đạo, CBCNV, đặc biệt là đội ngũ hoa tiêu hàng hải, đơn vị đã từng bước đứng vững và trưởng thành về mọi mặt, cơ sở vật chất ngày càng được tăng cường, đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ được giao, góp phần vào sự phát triển của ngành hàng hải Việt Nam, của Thành phố Đà Nẵng, 3 tỉnh Miền Trung và cả nước.